Hoewel de Aqua Excellent Cover Cleaner veel pluspunten heeft, zijn er ook nadelen om rekening mee te houden. Ten eerste is het product niet ontworpen om hardnekkig vuil, grove aanslag of voorgedroogde schimmel te verwijderen. In die gevallen is een voorbehandeling met een krachtiger reiniger en mechanische reiniging met een zachte borstel noodzakelijk. Sommige gebruikers zullen dit als onhandig ervaren omdat er dan meerdere stappen nodig zijn voordat je de cover cleaner kunt toepassen.
Ten tweede kan de geur bij het aanbrengen even aanwezig zijn. Hoewel de geur snel vervliegt, kan het storend zijn voor mensen die gevoelig zijn voor geuren of bij gebruik in kleine, slecht geventileerde ruimtes. Derde punt is dat het effect tegen kleurvervaging en bescherming tegen UV niet oneindig is; de fabrikant adviseert een herhaling elke drie maanden. Voor intensief gebruik of zeer zonnige locaties is dat mogelijk te vaak, wat de kosten over langere termijn verhoogt.
Tot slot is de prijs per liter relatief hoger dan sommige universele vinylreinigers. Als je meerdere covers of grote oppervlakken moet behandelen, kunnen de kosten oplopen. Al met al is het product prima voor regulier preventief onderhoud, maar minder geschikt als enige oplossing voor ernstig vervuilde of verouderde covers.